倪元璐是东林党人，刘孔昭此举无异于和东林党为敌，所以在他们的文章、笔记和编着的史书中，刘孔昭的形象十分猥琐。
甲申之变后，由于刘孔昭既是勋贵又手握兵权，所以成为马士英极力拉拢的对象。
最终，马士英和刘孔昭等人联合其他武将共同拥戴福王朱常洵即位，即弘光帝。
马士英离间弘光帝与史可法的关系时，刘孔昭推波助澜，遭到吏部尚书张慎言抨击。
刘孔昭大怒，在朝堂上当众怒骂张慎言为奸邪小人，还骂张慎言推荐的吴甡“有悖成宪，真奸臣也！”
弘光政权自建立之日起，官员就分为两派，开始无休止的内斗。
不久，清军南下，攻占南京，俘虏弘光帝，弘光政权灭亡。
浙江和福建先后建立鲁王朱以海的“鲁监国”政权和唐王朱聿键的隆武政权。
从南京逃走的刘孔昭，仍然拥有不容小觑的军事实力，他打算投奔隆武政权。
隆武帝自然愿意借助他的势力壮大自己的力量，但遭到兵部尚书卢若腾的反对。
卢若腾说道：
“夫孔昭何如人也？身为操江大臣，胡骑渡江，抱头鼠窜，败军之将、亡国之大夫，其为人心所不与明矣。”
刘孔昭无奈，只好改投鲁监国。
鲁监国麾下名将张名振、张煌言进入长江时，刘孔昭随他们一起出发，攻克京口，收复崇明，路上还招来一批抗清义军归附。
久之后，刘孔昭参与鲁监国所部和郑成功的联合行动，再次进入长江，登上金山，
“获前叛金允彦磔之，以祭舟山诸死事者。旋登金山，泛储粟而归。”
张名振去世后，清军大举南侵，进攻鲁监国的舟山基地，刘孔昭之子刘永锡不愿被俘，跳水自尽，舟山沦陷。
失去基地后，刘孔昭和部下乘船在海上航行时失踪，
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