此时阿克罗玛已经操纵控制宝可梦的装置将在白色遗迹进行工作的泥偶巨人和修缮老头等宝可梦都控制住了。
安洁道：“搜查官我们又见面了，还有N也是，将光明石交给我们！”
小智道：“有我在，可没有这么简单！”
艾莉丝和天桐道：“还有我们呢！”
“出来吧，快龙！”
“上场了，我最优秀的岩殿居蟹！”
小智道：“那我这边就......达克莱伊就决定是你了！”
阿克罗玛将装置对准了达克莱伊、快龙以及岩殿居蟹，小智道：“快点将快龙和岩殿居蟹收回去！”
阿克罗玛的目标一开始就是达克莱伊，被光线射中后，就猩红着双眼看着小智。
阿克罗玛笑道：“到此为止了！”
小智等人被等离子团的人以及宝可梦们团团围住，等离子团用绳子将众人都绑了起来。就在此时，魁奇思乘坐着飞行器来到了众人的眼前。
魁奇思大笑道：“不愧是阿克罗玛博士制造的机器，连神兽都能控制了！小智搜查官，之前你让我的下属给我带的话，我现在都还给你。忘记了自我介绍了，我就是等离子团的首领魁奇思！”
N愤怒道：“魁奇思难道你又要犯两年前的错误了吗？你也看到了，召唤莱希拉姆的时候，发生了多么可怕的事情！”
魁奇思道：“我不会重蹈覆辙的！我现在已经拥有了宝可梦控制机和光明石，你阻止不了我的！”
魁奇思大手一挥，召唤仪式开始。随着火焰升空，整个祭台变为了火焰的鲜红色，阵法的纹路逐渐清晰。
只是动静越大失望越大，小智无聊的打了哈欠道：“魁奇思，话说莱希拉姆呢？”
魁奇思难以置信道：“不可能啊！那么就再加上这个！”魁奇思拿出了一个黑白相间的三角体，最前端有个黄色的尖刺，这就是基因之楔。魁奇思将基因之楔放在了光明石的旁边。
小智道：“玛夏多就是现在！”
从石台的影子中，玛夏多现身了，它以迅雷不及掩耳之势将基因之楔给抢了过来，等魁奇思反应过来的时候，基因之楔已经在小智的手里了。
小智拿出了一个大师球，道：“妄想控制神兽，说出来也挺搞笑的。靠那个机器啊，再花十年的时间也是白搭。达克莱伊动手使用黑洞！对了，忘记告诉你了，达克莱伊是装的！”
达克莱伊一个巨大的黑洞就让被控制的宝可梦和等离子团的成员都陷入了噩梦中。只剩了下一个魁奇思和阿克罗玛，阿克罗玛那边还有火箭队三人要去报仇呢，小智根本不用担心，他把玩着手里的大师球和基因之楔道：“接下来就是你的复仇时刻了！酋雷姆，就决定是你了！”
酋雷姆将基因之楔融入了体内道：“小智谢谢你！魁奇思，我的力量本源好用吗？”
酋雷姆步步紧逼魁奇思。
小智让达克莱伊用精神强念将众人身上的绳子都弄断，N道：“小智，为什么达克莱伊没有被控制啊！”
小智解释道：“我的达克莱伊可是跟帕鲁奇亚和帝牙卢卡对战过的，先不说它的实力很强，这种机器控制一般的宝可梦没问题，但是神兽的数据可是没有，而且神兽每一只都不简单！想要控制它们当作兵器，是不可能成功的！计划也来到了最后了！”
魁奇思道：“可恶！”
小智道：“结束了哦！酋雷姆，转变形态，使用冰冻伏特！”
小智话音刚落，暗黑酋雷姆登场，当然只有魁奇思一个人被永久冰封，这种状态他死不了也无法摆脱冰封了。
阿克罗玛被火箭队的三人绑了起来，机器则是被赶来的荷莲娜和巴贝娜给毁了。火箭队知道这机器不能控制神兽也对此没有了兴趣，毁了就毁了。
巨大的爆炸声响起，控制宝可梦的装置直接被毁去。达克莱伊解除了黑洞的控制，宝可梦们都恢复了原状。帅哥先生提前联系的君莎小姐以及国际刑警将等离子团全部打包带走，又一个邪恶组织在小智的手上终结！
酋雷姆重新获得了自己的本源力量后就回到了精灵球中，当初跟随小智也只是单纯认可了这个人类训练家，现在是真正的认定了他就是自己的训练家了。
等离子团的覆灭，压在N与荷莲娜和巴贝娜身上的枷锁也就消失了，N邀请道：“荷莲娜，巴贝娜，跟我一起去看看雾以外的世界吧！跟我一起去旅行，在这个现实的世界旅行！”
荷莲娜道：“要往哪里去呢？”
N道：“往理想的地方去！我想要找到将理想变为现实，自己能做到的事情！我需要你们的力量！”
N与荷莲娜与巴贝娜去旅行了，为了实现人类理想的世界，小智三人目送他们离开，相信以后在某处还会再次相遇！
至于老红豆杉博士听说发现了新的冰之遗迹后，带着挖掘队的成员们马不停蹄的离开......
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