巴比伦尼亚的犹太人社区是波斯人的天然盟友，因为这些离乡背井的犹太人从未饶恕过曾放逐他们的巴比伦人。他们组成了亲波斯人的少数派，在多数居民均采取不合作态度的巴比伦尼亚，这个少数派对波斯人尤为可贵。尽管居鲁士二世出于策略的考虑，通过"与巴尔携起手来"，表示他愿意尊重巴比伦人的民族自尊心，但仍然无济于事。居鲁士二也允许所有希望离开的犹太人返回在犹太的故园，并重建他们在耶路撒冷的神庙。在埃克巴塔纳(今称哈马丹)的档案中，可以查到居鲁士二世的敕令，这一敕令继而又受到大流士一世的进一步确认。要么是阿尔塔薛西斯一世在公元前445年，要么是阿尔塔薛西斯二世在公元前384年，曾允许其巴比伦犹太管家尼希米暂时离开首都苏萨，他负有前往犹太重新为耶路撒冷城设防的使命。大流士一世和阿尔塔薛西斯都曾为在他们授权下犹太人重建耶路撒冷公共工程而批准过预算和建材。
阿拉米人像犹太人和腓尼基人一样，也从波斯帝国获益不浅。在亚述统治时期已经开始的阿拉米语言文字的传播，在波斯人治下又获长足发展。在叙利亚，迦南语(希伯来语)逐渐被阿拉米语所取代。在叙利亚，迦南语仅仅是礼拜仪式用语，作为日常用语，它只在地中海西岸地区的腓尼基人殖民世界中运用。阿拉米语言继续与阿拉米字母同时向东传播，阿拉米字母比楔形文字更方便实用。与七八个世纪以前的乌加里特人一样，波斯人从苏美尔-阿卡德语库中选择了一些字组成一套字母。大流士一世在贝希斯敦石崖上用三种文字记录其武功时，用波斯楔形文字刻下了波斯文，同时，又用表达方式既传统又庞杂的苏美尔体楔形文字刻下了埃兰文和阿卡德文译文。但是，波斯人的楔形文字与乌加里特文遭受了同样的命运，它未能抵抗住由更简洁明了的字母组成的字母大潮的冲击，这种字母早在公元前最后一千纪初叶已在腓尼基流行起来。到公元前330年，绝大多数波斯帝国官方文件都已运用阿拉米语言文字，不过，也许这些字母仍按波斯语发音，即组成一个阿拉米字的字母组合，读起来好象是这个阿拉米字的波斯语译音。
叙利亚的几个主要民族因此而满足于做波斯人的臣民，而与波斯人有血缘关系的米底人却感到不那么幸福。正如他们在公元前522年起义中表现出来的那样，他们记得自己也曾是不可一世的民族，而波斯人则曾是他们的臣民。不过，尽管米底人桀骛不驯，波斯人还是再次允许他们做了米底-波斯帝国的伙伴，这个帝国比过去的米底帝国辽阔得多，也强盛得多。埃兰人也许有些受宠若惊，因为他们的国都苏萨升格为帝国首都。东北部讲伊朗语的民族在帝国亡国之后，坚持了长达三年的抵抗运动，反对马其顿统治者，以此显示他们对波斯帝国的深情厚谊。东部的游牧民族西徐亚人曾与居鲁士二世为敌，但在被大流士一世征服之后，似乎也很忠实于帝国。当公元前480年薛西斯在欧洲的希腊作战时，由他们据守战略要地。公元前330-前328年，他们还支援过农居的邻邦反抗亚历山大大帝。
不过，在被征服的民族中，有三个民族表现出与波斯统治势不两立，即巴比伦人、埃及人和亚洲希腊人。在公元前522年这个关键时期，巴比伦人不只进行了一次起义，而是两次。公元前484年，他们再度起义。不过，这一次，波斯人毫不手软地将起义镇压下去，从此以后，直到他们最终被亚历山大解放时为止，巴比伦人一蹶不振。波斯人不能放手让巴比伦人脱离他们的控制，巴比伦是波斯帝国的粮仓和工厂，也是帝国内陆交通网上的枢纽。而在另一方面，占领埃及不啻是波斯帝国的一大负担，正如它曾成为亚述人的负担一样。埃及距离法尔斯比离亚述更远。在反抗其大陆上的亚洲主人时，它可以接受来自海上的希腊人的增援。虽然埃及在公元前522年一败涂地，但是，它在大流士一世统治末期再度揭竿而起，公元前464-前455年，公元前404或395-前343年，他们曾两度取得独立。当它再度被波斯人征服时，距波斯帝国自身的倾覆已仅仅只有十几年时间。
波斯帝国是短命的帝国，但是它的宗教宽容政策产生了历久不衰的效果。这一政策顺应了宗教上不同信仰相互调合这一趋势，亚述人和巴比伦人的放逐政策促进了这一趋势的形成。一个征服者可以流放被征服国统治集团的成员，却放逐不了它的神祗。留在当地的农民仍会继续供奉它们，外来移民也不可能忽视它们。在前以色列王国主要宗教圣地伯特利崇拜耶和华的礼仪被向东带入巴比伦尼亚，向南带到埃利藩蒂尼，此地是尼罗河第一瀑布下面的边防要塞。公元前5世纪，在这个地方，一支为波斯人服务的犹太驻军同时供奉着爱希慕恩、安娜特和耶和华，这支军队的士兵都是为逃避被尼布甲尼撒放逐到巴比伦的厄运而躲入埃及的犹太人后裔。
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